Когда вы вносите изменения в утилите Настройка системы, то появляется окно, в котором говорится о необходимости перезагрузить компьютер.
Если вы отметите галочкой пункт Больше не показывать это предупреждение, то данное окно появляться не будет.
Для восстановления данного окна нужно в разделе HKCU\Software\Microsoft\Shared Tools\MsConfig удалить параметр NoRebootUI.
Порой окно программы Настройка системы (msconfig.exe) засоряется ненужными записями. Чтобы удалить записи, которые мозолят вам глаза, нужно прогуляться в раздел